Nadleśnictwo Biłgoraj jest podzielone na obręby i leśnictwa:

1. Obręb Biłgoraj:

- leśnictwo Biłgoraj

- leśnictwo Wola

- leśnictwo Bojary

- leśnictwo Nadrzecze

- leśnictwo Zagumnie

- szkółka leśna "Bojary"

2. Obręb Tarnogród:

- leśnictwo Luchów

- lesnictwo Ciosmy

- leśnictwo Sól

- leśnictwo Biszcza

- leśnictwo Potok

3. Obręb Huta Krzeszowska:

- lesnictwo Ujście

- leśnictwo Huta

- leśnictwo Rogóźnianka

Nadleśnictwo jest samodzielną jednostką organizacyjną Lasów Państwowych, która podlega Regionalnej Dyrekcji Lasów Państwowych w Lublinie. Prowadzi i koordynuje wszystkie działania związane z lasami na terenie nadleśnictwa, łącznie z nadzorem nad lasami gminy Harasiuki z upoważnienia starosty niżańskiego. Organizacja pracowników nadleśnictwa przedstawia się następująco:

Nadleśniczy - kieruje samodzielnie nadleśnictwem, ponosi za niego odpowiedzialność, a także reprezentuje nadleśnictwo na zewnątrz.

Zastępca nadleśniczego - podlega nadleśniczemu, a w przypadku nieobecności nadleśniczego sprawuje w jego imieniu obowiązki służbowe. Sprawuje i koordynuje działalność handlową nadleśnictwa oraz odpowiada za prawidłową działalność Działu Gospodarki Leśnej.

Główny księgowy - jest przełożonym Działu Finansowo-Księgowego. Do obowiązków pracownika należy organizacja, instruktarz i nadzór zadań w zakresie: księgowości, finansów, planowania finansowo-ekonomicznego, analiz, ewidencji sprzedaży, sprawozdawczości oraz prowadzenie kontroli wewnętrznej dokumentów finansowo-księgowych. Prowadzi ponadto windykację należności.

Sekretarz - jest przełożonym Działu Administracyjno-Gospodarczego i jest odpowiedzialny za jego prawidłowe funkcjonowanie oraz całokształt spraw związanych z obsługa administracyjną.

Inżynier nadzoru - samodzielne stanowisko pracy, do zadań którego należy prowadzenie kontroli funkcjonalnej w nadleśnictwie w zakresie ustalonym z nadleśniczym. Współpracuje z zastępcą nadleśniczego w sprawach planowania gospodarczego, koordynacji i realizacji prac gospodarczych.

Dział Finansowo-Księgowy - kierowany przez głównego księgowego. Do zadań działu należy głównie wykonywanie zadań związanych z prowadzeniem gospodarki finansowej nadleśnictwa oraz ewidencji księgowej. Wykonuje także sprawy związane ze sprzedażą drewna i jego fakturowaniem, prowadzenia kasy nadleśnictwa. Zajmuje się ponadto analizą i sprawozdawczością finansowo-księgową.

Dział Administracyjno-Gospodarczy - kierowany przez sekretarza zajmuje się obsługa administracyjną nadleśnictwa. Prowadzi sprawy w zakresie zaopatrzenia i remontów, środkami trwałymi i nietrwałymi, transportem i infrastrukturą nadleśnictwa, podatkami lokalnymi, realizacją zamówień publicznych a także koordynacją spraw dotyczącą instrukcji kancelaryjnej i archiwalnej.

Dział Gospodarki Leśnej - dział podlegający zastępcy nadleśniczego zajmujący się całokształtem prac z zakresu: selekcji i nasiennictwa, szkółkarstwa, hodowli lasu, ochrony lasu wraz z ochroną p. poż., ochrony przyrody, edukacji leśnej, urządzania lasu, użytkowania lasu, użytków ubocznych, postępu technicznego i technologicznego oraz stanem posiadania,  ewidencją gruntów i ich udostępniania. Dział ten również nadzoruje realizację zadań związanych z prowadzeniem gospodarki leśnej w lasach niestanowiących własność Skarbu Państwa.

Posterunek straży leśnej - komórka organizacyjna nadleśnictwa powołana w celu zwalczaniu przestępstw i wykroczeń z zakresu szkodnictwa leśnego. Na czele posterunku stoi Komendant Straży Leśnej, który bezpośrednio podlega nadleśniczemu. W skład posterunku wchodzą starsi strażnicy leśni.

Stanowisko ds. pracowniczych - samodzielne stanowisko pracy podlegające bezpośrednio nadleśniczemu. Pracownik prowadzi całokształt spraw pracowniczych w rozumieniu kodeksu pracy, Ponadzakładowego Układu Zbiorowego Pracy dla pracowników Polskiego Gospodarstwa Leśnego Lasy Państwowe oraz innych unormowań obowiązujących w tym zakresie. Dodatkowo prowadzi inne prace zlecone przez nadleśniczego w tym m.in. administrowanie danymi strony internetowej nadleśnictwa.

Leśniczy - stanowisko podlegające bezpośrednio zastępcy nadleśniczego. Leśniczy odpowiedzialny jest za prowadzenie gospodarki leśnej oraz ochroną przed szkodnictwem leśnym i jego zwalczaniem na terenie leśnictwa.

Podleśniczy -  stanowisko podlegające leśniczemu. Wykonuje prace zlecone przez leśniczego.

Robotnicy - stanowisko podlegające sekretarzowi. Pracownicy na tym stanowisku wykonują pracę zleconą przez sekretarza.