Lasy Państwowe podejmują również własne inicjatywy ochronne. Pomagają wybranym gatunkom zwierząt i roślin zasiedlić miejsca, gdzie gatunki te wyginęły (tzw. reintrodukcje) lub gdzie są zagrożone wyginięciem (restytucje). Dotyczy to np. cisa, sudeckich jodeł, cietrzewia czy głuszca.

Szanse na przetrwanie ginącym gatunkom mają dać strefy ochronne dla wybranych gatunków zwierząt (m.in. wokół gniazd ptaków). Leśnicy są za nie szczególnie odpowiedzialni, ponieważ większość z nich znajduje się na gruntach zarządzanych przez LP.

W lasach Nadleśnictwa Biłgoraj występuje kilka rzadkich gatunków ptaków:

• orlik krzykliwy (Clanga pomarina C. L. Brehm.)
• bocian czarny (Ciconia nigra L.)
• cietrzew (Lyrurus tetrix L.)
• głuszec (Tetrao urogallus L.)

Z uwagi na występowanie powyższych gatunków na obszarze nadleśnictwa, zostały utworzone cztery strefy ochronne głuszca, gdzie stwarzane są dogodne warunki do bytowania dla tego gatunku. Utworzono także 2 strefy ochronne gniazd chroniące stanowiska lęgowe orlika krzykliwego (Clanga pomarina) i bociana czarnego (Ciconia nigra) w leśnictwach Huta i Ujście. W leśnictwie Zagumnie ustalono strefę ochrony ostoi całorocznej miejsc rozrodu i regularnego przebywania ważki iglicy małej (Nehalennia speciosa Charpentier). Wśród podmokłych lasów Nadleśnictwa występuje rzadka i chroniona paproć – długosz królewski (Osmunda regalis L.). Z innych gatunków roślin rzadkich spotyka się także m.in.:

• wawrzynek wilczełyko (Daphne mezereum L.)
• mącznica lekarska (Arctostaphylos uva-ursi L.)
• rosiczka okrągłolistna (Drosera rotundifolia L.)
• rosiczka długolistna (Drosera anglica Huds.)
• rosiczka pośrednia (Drosera intermedia Hayne)
• widłak goździsty (Lycopodium clavatum L.)
• widłak jałowcowaty (Lycopodium annotinum L.)
• wroniec widlasty (Huperzia selago L.)
• widlicz spłaszczony (Diphasiastrum complanatum L.)
• fiołek bagienny (Viola uliginosa Besser)
• niebielistka trwała (Swertia perennis L.)
• pomocnik baldaszkowy (Chimaphila umbellata L.)
• przylaszczka pospolita (Hepatica nobilis Mill.)
• pływacz drobny (Urticularia minor L.)
• gnidosz królewski (Pedicularis sceptrum-carolinum L.)
• naparstnica zwyczajna (Digitalis grandiflora Mill.)

Spośród gadów często napotykana jest jaszczurka zwinka (Lacerta agilis L.) lub żyworodna (Lacerta vivipara Jacquin), rzadziej żmija zygzakowata (Vipera berus L.). Wśród płazów na terenie całego nadleśnictwa spotkać można grzebiuszkę ziemną (Pelobates fuscus Laurenti) i ropuchę szarą (Bufo bufo L.). Przedstawicielem ssaków będących pod ochroną ścisłą jest wilk (Canis lupus L.).

Największym zagrożeniem dla roślin i zwierząt dziko żyjących objętych ochroną gatunkową jest zarastanie torfowisk, pozostawianie nie koszonych łąk, eutrofizacja, osuszanie terenu oraz nadmierna eksploatacja środowiska przez człowieka.