Na terenie Nadleśnictwa Biłgoraj stwierdzono występowanie 13 gatunków roślin objętych ochroną ścisłą, są to:

- bagnica torfowa (Scheuchzeria palustris),

- długosz królewski (Osmunda regalis),

- fiołek bagienny (Viola uliginosa),

- gnidosz królewski (Pedicularis  sceptrum-carolinum),

- niebielistka (swercja) trwała (Swertia perennis),

- pływacz drobny (pływacz mniejszy) (Utricularia minor),

- rosiczka okrągłolistna (Drosera rotundifolia),

- rosiczka pośrednia (Drosera intermedia),

- rosiczka długolistna (Drosera anglica),

- wątlik błotny (Hammarbya paludosa),

- widłaczek torfowy (Lycopodiella  inundata),

- widłoząb Bergera (Dicranum undulatum),

- mącznica lekarska (Arctostaphylos uva-ursi). 

Gatunki roślin podlegające ochronie częściowej:

Bagno zwyczajne (Ledum palustre),

Bielistka siwa (Leucobryum glaucum),

Bobrek trójlistkowy (Menyanthes trifoliata),

Chrobotek leśny (Cladonia arbuscula),

Gajnik lśniący (Hylocomium splendens),

Gnieźnik leśny (Neottia nidus-avis),

Grzybienie białe (Nymphaea alba),

Modrzewnica zwyczajna (Andromeda polifolia),

Naparstnica zwyczajna (Digitalis grandiflora),

Podkolan biały (Platanthera bifolia),

Płonnik cienki (Polytrichum strictum),

Płonnik pospolity (Polytrichum commune),

Pomocnik baldaszkowy (Chimaphila umbellata),

Rokietnik pospolity (Pleurozium schreberi),

Śnieżyczka Przebiśnieg (Galanthus nivalis),

Torfowiec błotny (Sphagnum palustre),

Torfowiec brunatny (Sphagnum fuscum),

Torfowiec Czerwonawy (Sphagnum rubellum),

Torfowiec kończysty (Sphagnum fallax),

Torfowiec (Magellański) (Sphagnum magellanicum),

Torfowiec spiczastolistny (Sphagnum cuspidatum),

Tujowiec tamaryszkowaty (Thuidium tamariscinum),

Widlicz (widłak) spłaszczony (Diphasiastrum complanatum),

Widłak goździsty (Lycopodium clavatum),

Widłak jałowcowaty (Lycopodium annotinum),

Widłoząb miotłowy (Dicranum scoparium),

Wroniec widlasty (widłak wroniec) (Huperzia selago).

Gatunki roślin umieszczone PCKR – Polska Czerwona Księga Roślin oraz CLRiGP – Czerwona Lista Roślin i Grzybów Polski: Turzyca bagienna (Carex limosa).

Fauna nadleśnictwa charakteryzuje się obecnością szeregu chronionych, rzadkich, zagrożonych i innych interesujących gatunków zwierząt:

Owady

Ochrona ścisła:

Czerwończyk nieparek (Lycaena dispar) – motyle,

Zalotka większa (Leucorrhinia pectoralis) – ważki,

Iglica mała (Nehalennia speciosa) – ważki,

osadnik wielkooki (Lopinga achine) – motyle.

Płazy

Ochrona ścisła: Kumak nizinny (Bombina bombina).

Gady

Ochrona ścisła:Gniewosz plamisty (Coronella austriaca).

Ochrona częściowa: Zaskroniec pospolity (Natrix natrix).

Ptaki

Ochrona ścisła:Orlik krzykliwy (Clanga pomarina),Głuszec (Tetrao urogallus),Żuraw (Grus grus).

Ssaki

Ochrona Ścisła: Wilk (Canis lupus),Ryś (Lynx lynx),

Ochrona częściowa: Bóbr europejski (Castor fiber), Wydra (Lutra lutra).

Na terenie Nadleśnictwa Biłgoraj stwierdzono występowanie wielu innych chronionych gatunków, dla których nie określono szczegółowej lokalizacji lub występują na licznych stanowiskach.